Struktur organisasi Pesantren IT dan uraian tugas dan wewenang masing-masing pengurus masih dalam proses pengembangan. Berikut struktur badan yayasan berdasarkan akta pendirian yayasan pada tanggal 12 Desember 2016 :

PENGURUS

  1. Fatkul Amri
  2. Aan Mahathir Muhammad Nur
  3. Dwi Wijonarko
  4. Haryono
  5. Jaswadi
  6. M. Miftahul Huda
  7. Maghfur Amin
  8. Moch. Zamroni
  9. Muhammad Fauzil Haqqi
  10. Mustafid Khilmi
  11. Nizar Luthfiansyah
  12. Priyo Husodo
  13. Sumariaji
  14. Willy Merdiansyah
  15. Yosi Afandi
  16. Yulianto Frandi
  17. Yuniar Risdiyanto Rizki
  18. Zulfa Andrianotoro

PEMBINA

  1. Noerman Taufik
  2. Abdullah Soedarmo
  3. Achlif Nugroho Widi Utomo
  4. Agung Santoso
  5. Ainun Najib
  6. Ary Widianto
  7. Bambang Haryadi
  8. Deni Indra Prasetyo
  9. Endy Junaedy K
  10. Imawan Widajanto
  11. Ir. Moch Iwan Somantri
  12. M. Hanif Dinada
  13. Misbachul Munir
  14. Murdi Santoso
  15. R. Meta Sutriatin Rukmitasari
  16. Robbi Baskoro
  17. Sahit Maliki
  18. Saiful Hidayat
  19. Syaifudin Zuhri
  20. Wisnu Manupraba
  21. Zaenal Arifin

PENGAWAS

  1. Amar Alpabet Fuadu Zakiah
  2. Achmad Zulkarnain
  3. Agung Firdaus
  4. Ahmad Faisal Rizal
  5. Ali Ghufron
  6. Dhanang Fitra Riaji
  7. Ervin Kurniawan
  8. Herry Fahrul Rizal
  9. Kurniawan Subiantoro
  10. Moeh Zaenal Arifin
  11. Mokh Hadi Wijaya
  12. Muhammad Subair
  13. Nurcholiq
  14. Rosa Kurniawan
  15. Sri Jabat Kaban
  16. Surya Agung Aditya Ika Nugraha
  17. Thoriq Abror